BLAST软件自定义输出表格样式

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一款由 NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何设置比对结果输出为outfmt 6时指定输出特定数据。

#指定输出指定内容

# -outfmt "6 qseqid sseqid pident evalue bitscore qseq sseq"

#指定输出格式为6，结果中从前到后分别为指定内容：qseqid（查询序列ID）、sseqid（目标序列ID）、pident（匹配百分比）、evalue（E值）、bitscore（比特分数）、qseq（查询序列）、sseq（目标序列）

blastn -query data/nucl_query.fasta -out data/outfmt6.tsv -db data/nucl.blastdb -num_threads 16 -evalue 1e-10 -max_target_seqs 5 -outfmt "6 qseqid sseqid pident evalue bitscore qseq sseq"

以上代码输出了输入及数据库中的序列名称、evalue以及两条序列的碱基序列等信息。

更多可指定内容请参考”https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/“的Table C1表格。