将FastA、FastQ文件拆分成多个文件

Seqkit2是 Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit实现将FastA、FastQ文件拆分成多个文件。

1. 1、基于指定序列数拆分文件（拆分后的文件将按照原始文件名加上后缀 _1, _2, _3等进行命名）

# -s 2指定了每个输出文件包含的最大序列数为1000

# input.fasta是要拆分的输入FASTA文件

seqkit split -s 2 input.fasta

1. 2、将文件拆成特定份数（拆分后的文件将按照原始文件名加上后缀 _1, _2, _3等进行命名）

# -p 3指定了要将输入文件拆分为3个文件

# input.fasta是要拆分的输入FASTA文件

seqkit split -p 3 input.fasta

1. 3、基于ID拆分文件

# --id-regexp "^([\w]+)\-"：使用正则表达式提取 ID的一部分。在这里，正则表达式 ^([\w]+)\-匹配 ID开头的字母数字字符（[\w]+），直到遇到第一个 -符号

# -2：启用两遍模式，以降低内存使用量，特别适用于大文件

seqkit split hairpin.fa -i --id-regexp "^([\w]+)\-" -2

1. 4、同时拆分双端测序fq文件

# -p 20指定了同时拆分为20个文件，因为双端测序通常包含两个文件（每个文件对应一个端）

# -1 paired_reads_1.fq.gz -2 paired_reads_2.fq.gz是要同时拆分的输入双端测序FASTQ文件

seqkit split2 -p 20 -1 paired_reads_1.fq.gz -2 paired_reads_2.fq.gz