RPS-BLAST使用

RPS-BLAST类似于 HMMER，可用于在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family寻找蛋白序列具有的保守Domain。

蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。

RPS-Blast安装和使用：

# 数据下载，这个文件是包含了NCBI网页版的各个库的，即CDD、COG、SMART、TIGR、PRK等。

wget https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/cdd/cdd.tar.gz

# 解压

tar -xzvf cdd.tar.gz

# 格式化数据库
makeprofiledb -title Pfam.v.xxx -in Pfam.pn -out Pfam -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true

# -title是给输入的文件的命名(可有可无)

# -in是输入文件，即需要被制作数据库的文件，pn文件中存放的是smp文件名

# -out为输出文件，即数据库的名字，后续使用此名字进行rpsblast

# -threshold向查找表中添加词条的最小分数,默认值为 9.82（Minimum word score to add a word to the lookup table）

# -scale PSSM缩放因子。默认值为 100

# -dbtype输出数据库类型。可以是 cobalt、delta或 rps，默认值为 rps

# -index是否产生索引文件，默认值为true

# 运行搜索
rpsblast -query data/prot_query.fasta -outfmt 6 -evalue 1E-10 -out test.out -db Pfam

# -query为查询序列，fasta格式

# -outfmt输出格式，跟其它blast格式一样，有很多种选择，与其它blast结果类似，参考rpsblast -help

# -evalue自己设置evalue阈值，但是一般Domain的evalue都挺低的

# -out输出文件

# -db使用的数据库，是之前建好的

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