实用组学小工具——VFDB毒力基因注释

一、VFDB数据库介绍

VFDB（https://www.mgc.ac.cn/VFs/）是一个专门针对细菌毒力因子（Virulence Factors, VFs）的综合性在线数据库，旨在系统整理和注释与细菌致病性相关的基因、蛋白质及其功能机制，为治疗和预防传染病提供新思路。通过VFDB注释，我们可以快速确定待分析样本的毒力基因携带情况。

VFDB两大核酸和蛋白的VF数据集：

core dataset (setA)：核心数据集，仅包含经过实验验证的高质量毒力因子，数据量较小，但可靠性高，适用于精确分析。

full dataset (setB)：全数据集，包含所有预测和注释的毒力因子，包括通过生物信息学预测但未经实验验证的基因/蛋白，覆盖面更广，但可能存在假阳性或功能不明确的情况。

二、传统分析方法概述

VFDB的数据集注释，包括setA、setB，虽然提供了比对窗口，但其实并不合适在线运行。因此通常情况下，我们需要将数据集下载下来，本地部署BLAST/DIAMOND分析环境，并建立标准化分析流程，以完成毒力因子分析。

而这就需要我们熟练掌握命令行操作，能自行解决软件安装运行中的一系列可能问题，并定期完成数据库更新，这对于大多数没有生信基础的用户来说可能会比较麻烦。

三、生信云零基础做生信

唯那生物推出的生信云平台服务（https://cloud.mimazi.net），可以帮助大家更方便的进行VDFB数据库注释，将操作流程简单化，无需安装软件，无需配置环境，即可快速输出VFDB注释结果，云平台同时支持setA/setB双数据集分析。

仅需微信扫码注册一个账号，找到免费小工具“微生物基因组VFDB数据库注释”，提交全基因组蛋白序列（fasta格式），就能直接得到注释结果并完成下载，是不是非常简单。

此外，密码子生信云还提供云流程和其它各色小工具分析服务。

为细菌基因组研究量身定制的智能云流程从基因组测序原始数据（fastq）或组装序列（fasta）出发，一键化完成细菌基因组全套分析流程，包括基因预测、多功能注释和多数据库分析。而多种多样的实用小工具，可以为您精准解决碎片化需求，包括序列处理、统计绘图、基因组注释等等，助力您轻松完成数据分析。

四、结语

在微生物研究领域，生物信息学分析已不再是专业生信人员的"特权"。密码子生信云平台如同您的随身生信助理，能够将晦涩的技术流程转化为网页端的简单点击。无论您是初次接触生信的临床研究者，还是专注微生物研究的科研工作者，这里都为您准备了零成本的分析入口和零门槛的操作体验。

现在访问平台，开启您的第一个生信分析项目吧！我们始终相信，技术的价值在于让每个人都能平等地获取科研工具，而您要做的，只是保持探索的好奇心。