Diamond安装及使用教程——快速、高效的序列比对利器

在大规模的DNA和蛋白质序列比对中，寻找一种快速而准确的工具是科研人员不可或缺的需求。今天向大家推荐一款高通量序列比对软件DIAMOND。

Diamond是一种用于蛋白质（blastp，blastx）序列比对的工具，专为大序列数据的高性能分析而设计。其主要特点是：

Dimaond的安装

方法一：conda安装（推荐使用）

conda install -c bioconda diamond

方法二：预编译可执行文件安装（下载并解压后即可使用）

第一步下载

wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.1.8/diamond-linux64.tar.gz

第二步解压

tar xzf diamond-linux64.tar.gz

Dimaond的使用

1.建库

和BLAST使用方法是一样，Diamond比对的第一步就是建库。但是Diamond的建库只支持蛋白质序列，提供一个数据库的蛋白质fasta文件，首先下载好相应的数据库，解压，之后开始建库。建库需要使用makedb（以nr数据库为例）

diamond makedb --in nr.fa --db nr

--in输入蛋白质文件

--db生成后缀为.dmnd的数据库文件

2.运行

建库结束后就可以开始diamond的运行了，最基本的使用方法：

diamond blastp -d nr -q query.faa -o output.txt

--query/-q：输入检索序列（蛋白序列）

--out/-o：输出文件，默认以 --outfmt 6输出结果和BLAST+的 --outfmt 6结果一致

diamond blastx -d nr -q query.fna -o output.txt

--query/-q：输入检索序列（核酸序列）

--out/-o：输出文件，默认以 --outfmt 6输出结果和BLAST+的 --outfmt 6结果一致

注意事项:

默认参数主要是针对段短序列，对于比较长的序列，使用--sensitive或--more-senstive提高敏感度。

默认的e-value阈值是0.001,而BLAST是10，因此会比BLAST结果更加严格。

输出结果介绍（BLASTnoutputformat6）

1.	qseqid	query sequence id
2.	sseqid	subject sequence id
3.	pident	percentage of identical matches
4.	length	alignment length
5.	mismatch	number of mismatches
6.	gapopen	number of gap openings
7.	qstart	start of alignment in query
8.	qend	end of alignment in query
9.	sstart	start of alignment in subject
10.	send	end of alignment in subject
11.	evalue	expect value
12.	bitscore	bit score