基因组rRNA预测实战：Barrnap的安装和使用

Barrnap（BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor）是一种用于rRNA预测的软件。它以DNA fasta序列作为输入，输出gff3结果文件和提取的fasta文件。

Barrnap使用nhmmer/hmmer3.1进行DNA/RNA比对。支持多线程加速计算。

Barrnap支持以下类型的rRNA的预测：

bacteria (5S,23S,16S)

archaea (5S,5.8S,23S,16S)

metazoan mitochondria (12S,16S)

eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)

Barrnap的安装

1. conda 安装

conda install -c bioconda -c conda-forge barrnap

1. 预编译可执行文件安装

git clone https://github.com/tseemann/barrnap.git

cd barrnap/bin

./barrnap --help

在bin目录下，就是可执行程序。需要注意的是，要确保nhmmer和bedtools这两个软件已经安装，并且将对应的路径添加到PATH环境变量中。

Barrnap的使用

barrnap --kingdom bac --threads 8 --outseq bac_rRNA.fasta --quiet examples/bacteria.fna > bac_rRNA.gff3

--kingdom：物种类型，bac代表细菌，arc代表古菌，euk代表真核生物，mito代表后生动物线粒体

--threads：并行的线程数，此处为8

--outseq：输出识别到的rRNA序列

--quiet：输入文件，DNA fasta序列

结果：

bac_rRNA.fasta

bac_rRNA.gff3

参考文献：

https://github.com/tseemann/barrnap

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