Prodigal安装及使用教程 ——原核生物基因预测工具

看不见的线
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2024-01-24 10:13:11
原创

Prodigal（PROkaryotic DYnamic programming Gene-finding ALgorithm）是一款用于原核生物基因预测的软件，由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的Doug Hyatt团队于2010年正式发表，2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据，是目前应用最广泛的基因预测软件之一。

重要概念

可读框（open reading frames，ORF）是指从起始密码子起到终止密码子为止的一段连续的密码子区域。它是DNA序列上始于ATG（在DNA编码链上），止于TGA,TAA或TAG的连续的密码子区域。当没有已知的蛋白产物时，该区域被称为可读框，而当确知该可读框编码某一确定蛋白时，它就被称为编码区，即一个可读框是潜在的编码区。

Prodigal的安装

1、conda安装

conda install prodigal

2、源码安装

#将预编译文件克隆到本地

git clone https://github.com/hyattpd/Prodigal.git

#切换到预编译文件所在目录

cd Prodigal/

#运行安装程序

make install

#调用主程序查看帮助

prodigal

Prodigal的使用

#预测单个基因组的ORFs

prodigal -i test_genome.fasta -o gene.gff -d gene.fasta -a protein.fasta -p single -f gff

# -p默认single模式

# -o输出基因的坐标信息(Gene Coordinates)，默认为Genbank-like格式，可通过设置-f gff指定为GFF格式；

# -a输出基因的氨基酸序列；

# -d gene.fasta输出基因的核苷酸序列；

#预测宏基因组数据集的ORFs

prodigal-ifinal.contigs.fa-o gene.gff -d gene.fasta -a protein.fasta-pmeta

# -pmeta调用宏基因组模式

参考资料：

Hyatt D, Chen G L, LoCascio P F, et al. Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification[J]. BMC bioinformatics, 2010, 11: 1-11.10.1093/nar/gkx1321.

Hyatt D, LoCascio P F, Hauser L J, et al. Gene and translation initiation site prediction in metagenomic sequences[J]. Bioinformatics, 2012, 28(17): 2223-2230.

Github链接：https://github.com/hyattpd/Prodigal

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