Flye安装和使用教程 ——基因组三代组装软件

Flye是用于单分子测序（三代测序，例如PacBio或Oxford Nanopore）的基因组拼接工具，可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。

1. 1、Flye的安装

# conda安装

conda install flye

# 预编译安装

#下载可执行文件并提取文件

gitclone https://github.com/fenderglass/Flye

# 切换到bin目录

cdFlye/

# 运行安装程序

python setup.py install

2、Flye的使用

#查看帮助信息

flye--help

# 运行（PacBio测序数据）

flye--pacbio-raw./path/raw_PacBio_40x.fq--out-dir./out_pacbio--threads8

# 运行（nanopore测序数据）

flye--nano-raw./path/raw_E.coli_MAP006-1_2D_50x.fq--out-dir./out_nano--threads8

# 参数说明：

--pacbio-raw传入pacbio的原始数据

--nano-raw传入nanopore的原始数据

--out-dir输出结果存放路径
--threads线程数

1. 3、结果说明

Flye运行后生成的全部结果内容如下：

参考资料：

Mikhail Kolmogorov, Derek M. Bickhart, Bahar Behsaz, Alexey Gurevich, Mikhail Rayko, Sung Bong Shin, Kristen Kuhn, Jeffrey Yuan, Evgeny Polevikov, Timothy P. L. Smith and Pavel A. Pevzner "metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs", Nature Methods, 2020doi:s41592-020-00971-x

Mikhail Kolmogorov, Jeffrey Yuan, Yu Lin and Pavel Pevzner, "Assembly of Long Error-Prone Reads Using Repeat Graphs", Nature Biotechnology, 2019doi:10.1038/s41587-019-0072-8

Yu Lin, Jeffrey Yuan, Mikhail Kolmogorov, Max W Shen, Mark Chaisson and Pavel Pevzner, "Assembly of Long Error-Prone Reads Using de Bruijn Graphs", PNAS, 2016doi:10.1073/pnas.1604560113

How to cite: the 2020 paper is the most relevant to metagenome assembly. For single genome assembly, use the 2019 paper as reference. The 2016 paper describes solid k-mer indexing and polishing approaches that are used as core algorithms in the current pipeline.

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