Prokka安装和使用教程 ——快速原核基因组注释

Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“Torsten Seemann”开发的基因结构注释软件，可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。

Prokka的安装

1. conda 安装

conda install Prokka

1. 预编译可执行文件安装（Centos/Fedora/RHEL）

#下载可执行文件

git clone https://github.com/tseemann/prokka.git $HOME/prokka

# 运行安装程序

$HOME/prokka/bin/prokka --setupdb

Prokka的使用

1. 输入文件

Prokka要求以FASTA格式的预组装基因组DNA序列为输入文件。

1. 基因组注释

prokka--outdirmydir--cpus 16 --prefixmygenomecontigs.fa

参数介绍：

contigs.fa输入文件

--outdir 生成文件输出的文件夹

--cpus要使用的cpu数量(默认'8')

--prefix注释好文件的文件名

--kingdom注释模式，Archaea|Bacteria|Mitochondria|Viruses (默认 'Bacteria')

--genus需要注释基因组的菌株的属名(默认为“genus”)

--species菌株的种名(默认为“species”)

--strain菌株名称(默认'strain')

1. 输出结果

参考资料：

Anna Syme, Torsten Seemann, Simon Gladman,Genome annotation with Prokka (Galaxy Training Materials).https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/genome-annotation/tutorials/annotation-with-prokka/tutorial.htmlOnline; accessed Thu Jan 18 2024

Hiltemann, Saskia, Rasche, Helena et al., 2023Galaxy Training: A Powerful Framework for Teaching!PLOS Computational Biology10.1371/journal.pcbi.1010752

Batut et al., 2018Community-Driven Data Analysis Training for BiologyCell Systems10.1016/j.cels.2018.05.012

https://github.com/tseemann/prokka

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