GrapeTree的安装及使用教程-最小生成树绘制

GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序，它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法（NJ），类似于PhyloViz的经典最小生成树算法（MSTree）或我们称之为MSTree V2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。

1. 1、数据准备

使用GrapeTree绘制最小生成树需要2份数据-Profile和 Isolate，两者都需要保存为.txt格式。其中Profile代表ST型的等位基因谱文件；Isolate代表样本信息文件。

以下为Profile和Isolate文件的基础样式：

① Profile文件需要包含菌株的名称#Name及等位基因编号。

② Isolate文件可以添加分类统计的注释信息，比如分型结果ST、菌株的分离时间、分离来源、分离国家等等。

2、GrapeTree安装包下载

下载地址（https://github.com/achtman-lab/GrapeTree/releases）。

3、GrapeTree的使用说明

将下载好的GrapeTree_win.zip或GrapeTree_mac.zip进行解压，找到对应的.exe启动程序并打开。

打开GrapeTree软件后，点击Load Files，先上传Profile文件。

GrapeTree有以下四种建树策略可进行选择，MSTreeV2较为常用。

选择好建树策略后，即可生成如下图所示的基础最小生成树样式。

再次点击Load Files上传样本信息文件Isolate，即可添加注释信息，软件默认设置第一项注释信息，这里为“ST”。

在Tree Layout中选择Node Style-Colour By可以更换需要展示的注释信息，如将“ST”更改为“country”。

Show Labels可以选择添加样本的名称或样本对应注释信息的名称，Font Size可调节样本名称的大小，Node Size调节样本图示的大小，Highlight Label突出显示指定的样本，右侧注释标签也可以进行此操作，如此处的country处突出显示特定国家的样本。

Branch Styles可以呈现等位基因的距离。

Inputs/Outputs处可保存文件或导出图像。

参考资料：

GrapeTree软件说明文档参见：

（https://enterobase.readthedocs.io/en/latest/grapetree/grapetree-tutorial-1-sa.html）

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