首页 / 文章汇 / 技能干货 / 软件使用

Rawgraphs网站-冲积图与桑基图绘制

  • 看不见的线
  • 272
  • 2024-01-31 09:39:40
  • 原创

Rawgraphs(https://www.rawgraphs.io/)是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Use it now!”进入Rawgraphs 2.0 beta(https://app.rawgraphs.io/)即可开始绘图。

此外,选择点击网站的Github可跳转至Rawgraphs安装包下载界面(https://github.com/rawgraphs)。

网站支持的图表类型:

以下为冲积图操作指南:

  1. 在此处提交表格:(复制表格并粘贴至空白框或直接上传表格文件)

注意表格一定要包含标题,否则第一行的数据将会默认为标题!

2、以示例数据Alluvial diagram - Hate crimes in New York.tsv为例,结果如下,(表格中可以包含中文,示例数据可在“Try our data samples”中找到)

3、选择图表类型,默认为冲积图

4、按顺序添加每一列数据的词条(由于本示例数据仅包含文本间的对应关系,没有样本的数据大小,因此所有数据都添加至Steps,而不添加Size)

5、初步结果如图所示,在左侧可以调整各项参数,如图片的尺寸和颜色等。

6、导出图片,一般选择svg格式,以方便做进一步修改。

7、在AI中可进一步美化该图片

以同样的方法绘制桑基图:(示例数据Sankey diagram - Energy flows.tsv)

总的来说,Rawgraphs可以满足冲积图和桑基图制作的一般要求,表现样本间的从属关系,是非常好用的在线绘图平台。

冲积图与桑基图的关系

冲积图与桑基图都是绘制样本分流图的方法,且都能体现样本之间的关系,但两者对数据的要求有所不同,最明显的特点是冲积图需要样本在分流的过程中样本数是保持不变的,比如第一列的数据量为100,分流到第二列的数据量也应该是100,所以绘制出来的绘制比较规整的样式,而桑基图不然,表现方式更加自由。

冲积图与桑基图的数据要求

冲积图:如表1所示,每一行的数据必须是有至少一个是不同的(不包括样本数),如前两行第三列的结果分别为C1和C2。因此当样本C包括C1和C2等多个数据结果时,该样本需要在表格中进行拆分。样本数并不是必须的,在不包含样本数的情况下,数量关系由数据出现的频次决定。对于冲积图而言,每一行的数据为一个结果,因此它的文件必须保证每一行每一列都有数据,假如存在A1B3的数据在第三列结果中没有对应关系,那么必须补充或假定该数据,如“unknown”,在导出图像后可以删除无用数据的内容。

表1冲积图数据结构

第一列第二列第三列样本数
A1B1C13
A1B1C25
A1B2C17

桑基图:如表2所示,桑基图代表的是每两组数据之间的对应关系,如B来自A的分流,C来自B的分流。在桑基图中,样本信息必定是两组数据,可以无样本数,无样本数时,数量关系由相同样本名称出现的频次决定。因此,桑基图需要准备的是数据在每两个分类间的所属关系(比如A和B,B和C),并将这种关系整合到一起。此外,桑基图不需要每个数据在各个分类中都有对应关系,比如A3属于B3,但在C组中没有对应结果,这不影响在图中呈现该数据。

表2桑基图数据结构

第一列第二列样本数
A1B11
A2B23
A3B35
B1C17
B2C29

推荐课程

【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程

课程链接:微生物比较基因组精品系列课【全套】

【课程】铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战

课程链接:铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战

【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究

课程链接:微生物比较基因组与群体进化

【课程】微生物分子分型-MLST课程——分型全套(含理论、软件、方法)

课程链接:微生物分子分型-MLST课程

【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

课程链接:基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

【课程】BRIG绘图——结构比较专题2

课程链接:走进比较基因组,BRIG软件带你轻松玩绘图

【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南

课程链接:肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南

【课程】微生物基因组生信必学课程

课程链接:微生物基因组生信分析必学课程

【课程】微生物生防菌研究

课程链接:生防菌的系统化研究

专题材料

【资料】耐药专题材料

【资料】生防专题材料

请添加唯那生物技术客服小唯的微信号winnerbio01,备注“耐药专题”或“生防专题”,立马获取。

更多专题推荐

CORPORATE CULTURE

1、耐药毒力专题

2、EasyFig软件使用指南

3、微生物基因组研究文章

4、微生物分型技术MLST-cgMLST必学要点

  • 点赞 (0人)
  • 收藏 (0人)
看不见的线
  • 课程数:
  • 文章数:
  • 学习人数: 0
关注
--- 作者文章 ---
  • 暂无内容
作者课程
  • 暂无内容
相关好课严选

官方微信公众号

客服热线:15618809518

【勤学如春起之苗,不见其增日有所长。假以时日,你定会为你的努力学习而倍感骄傲,加油!】