NCBI在线比对教程

1、访问NCBI-BLAST在线比对网址

访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法

2、在线进行序列比对

2.1在线进行两序列比对

选择进行多序列比对，粘贴或者上传需要比对的序列，依次指定查询序列和参考序列，点击BLAST进行比对。

应用场景：查询目标基因是否存在于基因组中

2.2在线进行序列与数据库比对

粘贴或者上传需要比对的序列，选择数据库、填入物种，调整各个参数（一般默认即可），点击BLAST进行比对。需要注意的是，在参数调整时，E值是最重要的参数，可以根据情况进行适当的调整。

3、比对结果查看

在查看比对结果时，E值以及Score值最重要，E值越小、Score值越大，则比对结果越可靠，点击Graphic summary，会出现图形显示界面，每一条线段代表一个比对结果，鼠标点击会有相应的比对信息。

点击Alignments，会出现每一个比对结果的多序列比对结果展示，通过此界面可以查看详细的比对结果，此处需要关注E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）用于评价blast结果。

E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了；一致性(Identities)：或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数；缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用"—"来表示。

比对结果下载，可选择感兴趣的序列，然后点击 Download下载比对结果。

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